Los orígenes del sake no están claros pues mientras hay quien asegura que sus inicios están en los arrozales que crecían a lo largo de las orillas del río Yangtsé, en China, allá por el quinto milenio antes de Cristo y que el método llegó al Japón con las oleadas migratorias del continente, otros expertos manifiestan que el sake empezó a elaborarse en el Japón, a partir del siglo III a. C., en la conocida como era Yayoi (300 a. C. a 300 d. C.), cuando se pasó de una sociedad de cazadores nómadas a otra de agricultores asentados en un territorio donde el arroz comenzó a cultivarse en humedales y terrenos inundados.
En un principio, el sake era el llamado kuchikame no sake, que traducido literalmente quiere decir ‘sake masticado’. El nombre proviene del hecho de que todo el pueblo masticaba arroz, bellotas, castañas o mijo que luego escupían en una tinaja en la que esta mezcla se dulcificaba porque los enzimas presentes en la saliva transformaban el almidón del arroz en azúcares. Luego, se le incorporaba una infusión de arroz hervido y se dejaba fermentar de forma natural. Se conseguía un sake dulzón, de baja graduación, con apariencia de papilla que se consumía en el mismo lugar de su elaboración. Hay una leyenda que cuenta que el mejor sake era el que se obtenía con la saliva de doncellas vírgenes.
Este tipo de sake es el que guarda ciertas similitudes con el método de producción de la chicha de mandioca y la de maíz, elaboradas por los aborígenes americanos, aunque asimismo en la actualidad se utilizan fermentos que desempeñan el papel de los enzimas salivares. También los chinos, en el siglo XIV a. C., preparaban una bebida hecha con mijo masticado, que se utilizaba en ciertas ceremonias religiosas, y posteriormente, seis siglos más tarde, un alcohol de arroz, llamado literalmente mi jiu, que era casi idéntico al sake japonés, y que gozó de una gran predilección entre las clases acomodadas de China.
Durante el siglo VIII, en la llamada Era Nara, se produjo el descubrimiento, posiblemente por accidente, de un moho natural llamado en japonés koji-kin (Aspergillus oryzae), cuyas esporas se encuentran flotando en el aire y que contiene unos enzimas que poseen la propiedad de transformar el almidón del arroz en azúcar. Otra teoría es que el koji-kin fue traído desde China y se implantó como elemento imprescindible en la elaboración del sake.
Este moho probablemente infectó el arroz de los arrozales húmedos y, mezclado con arroz hervido, agua y levaduras naturales, produjo un sake primitivo, pastoso y posiblemente algo agrio, pero que tenía la ventaja de evitar que todo el pueblo tuviera que mascar y escupir arroz.
No obstante, se sabe que en este tiempo el sake estaba bajo el estricto control del gobierno y que al ser un alimento hipercalórico estaba destinado a las clases pudientes.
En el siglo VII, el sake era ya una bebida totalmente arraigada y muy apreciada en todo el Japón. En el palacio imperial de Kioto, capital japonesa de la época, donde era producido en grandes cantidades, se regularizó su elaboración, lo que mejoró las técnicas de fabricación. Más tarde en la Era Heian se fomentó el desarrollo de nuevos métodos más perfeccionados, que permitieron la obtención de sakes menos ácidos y con una mayor graduación alcohólica.
Sin embargo, los últimos 500 años han moldeado y han definido la producción de sake tal y como lo conocemos hoy en día. Durante este período de tiempo, las técnicas han ido perfeccionándose constantemente y así se ha podido aislar y mejorar el koji-kin, se han desarrollado y clasificado las mejores levaduras, se han llevado a límites insospechados los métodos de molienda y pulido del arroz, y se han descubierto las propiedades de la pasteurización para alargar la conservación del sake.
Durante el período conocido como Restauración Meiji, que empezó en 1868, se liberalizó la producción del sake y las fábricas o bodegas aumentaron hasta las 30.000; por ello, el gobierno las gravó con elevados impuestos y entonces la cantidad se redujo a una cuarta parte. Estas bodegas o kura pertenecían a ricos terratenientes que contaban con un buen excedente de arroz para dedicarlo a la producción del sake. La mayoría de estas kura son las que han seguido produciendo sake hasta nuestros días.
En 1904, el gobierno japonés estableció el Instituto de Investigación de la Fabricación del Sake y tres años más tarde se efectuó la primera catadura gubernamental de sake.
A partir de 1989, momento en que comienza la Era Heisei, el sake se internacionaliza y su fabricación ha empezado a expandirse a otros países, como Estados Unidos, Australia y varios más.