El historiador Flavio Josefo (37-101), en su Historia de Judea, no hace referencia a ninguna matanza de niños. De todos modos, también es posible que la matanza de los niños no haya sido relatada por Flavio Josefo porque, dado el reducido número de niños asesinados, posiblemente pasó desapercibida o careció de importancia.

Aunque en la Edad Media los escritores cristianos especulaban con que el número de bebés asesinados osciló entre 3.000 y 15.000, el pueblo de Belén no contaba en aquella época con más de 800 habitantes, según el censo ordenado entonces por el gobernador romano Quirino. Así pues, cada año no habría más de veinte nacimientos, y teniendo en cuenta que la mitad morían antes de cumplir los dos años de edad, la matanza habría alcanzado a apenas una decena de niños. Aun considerando la precisión del texto de San Mateo de que el sangriento decreto de Herodes alcanzó también a la comarca de Belén, la cifra total siempre habría sido de dos dígitos, en lugar de tres, lo que vendría a explicar la escasa resonancia del episodio.

Un hecho que vendría a respaldar la más que probable naturaleza mítica de la Matanza de los Inocentes es que la Iglesia católica recuerda ese acontecimiento el 28 de diciembre aunque, de acuerdo con los Evangelios, la matanza debería haber sucedido después de la visita de los Reyes Magos al rey Herodes, uno o dos días después del 6 de enero, el día que acudieron a adorar al niño.

El origen de la historia de la matanza podría estar en la pretensión del evangelista San Mateo de unir simbólicamente las figuras de Jesús y Moisés, venerado éste último por los judíos como el profeta más importante. Según las tradiciones rabínicas, el niño Moisés había sido puesto en las aguas del Nilo en una canasta porque el faraón estaba haciendo matar a todos los hijos varones de los esclavos israelitas. Probablemente, la Matanza de los Inocentes fue la extrapolación de este episodio a la vida de Jesús. De esta manera, Mateo expresó que Jesús había llegado para instaurar la Nueva Alianza, superando la antigua alianza de Yahvé con Moisés, y mostrando así que Jesús era el mesías que los judíos esperaban.